花卉灌溉水源的質量從源頭上決定了花卉的種植效果。目前可用的殺菌技術主要有熱處理、臭氧處理、紫外線輻射、緩速砂濾法、膜過濾法、離子殺菌法等。在選擇灌溉水殺菌方式和設備的時候，應考慮花卉與病原的關系，從設計上考慮水源的供應、儲存，同時，使用成本也是決定性的因素。
花卉的需求在逐年遞增，花卉養殖業的發展在于品質的提升。花卉灌溉水源的質量從源頭上決定了花卉的種植效果。目前可用的殺菌技術主要有熱處理、臭氧處理、紫外線輻射、緩速砂濾法、膜過濾法、離子殺菌法等。
（1）灌溉水凈化采用熱處理
把灌溉水經過95℃的熱交換，時間保證30秒以上。水PH值降到4.5以下進行熱交換，送入熱交換器。降低PH值是為了避免鈣質累積在熱交換器上。交換器的管壁材料以不銹鋼或鈦合金為主。加熱能源以天然氣為例，ÿ立方米熱水約需要2-4m³的天然氣。在花卉生產大國荷蘭，這種技術是花卉種植水源進行殺菌的主要途徑。
（2）應用臭氧處理方法改善灌溉水
具有三個氧分子的臭氧對細胞膜有很強的氧化能力。在密閉空間內，ÿ十克臭氧可處理一立方米體檢的灌溉水。應用前水源的pH值要低于4.0，處理后放置一小時才能用于灌溉。水要通過炭質過濾以避免臭氧逸入溫室內或停留在水中產生毒性。
（3）紫外線除菌處理方法
這是最常見和可靠的處理方法，主要是使水流通過紫外光照射，其劑量為100～300ml/cm²。
（4）緩慢砂濾法
這種方法在許多國家用以過濾飲用水。研究結果顯示，用0.35～0.5mm的細砂可濾除真菌，對細菌的濾除率為95%～99%。濾菌作業緩慢是這種技術的主要問題，對病毒則無法濾除。
（5）膜過濾法
該方法是利用孔徑極小的過濾隔膜，用以隔除真菌、細菌或線蟲的進入，使用的孔徑0.05～0.25μm。主要的應用問題在于孔徑容易阻塞。
（6）離子殺菌法
這項技術目前還停留在研究階段，主要的問題在于完成殺菌的灌溉水不容易去除殘留離子，對植物產生毒害。
在荷蘭以及北美地區，溫室花卉灌溉水的殺菌主要以熱處理、臭氧處理與紫外光殺菌三種方式為主。在選擇灌溉水殺菌方式和設備的時候，應考慮花卉與病原的關系，從設計上考慮水源的供應、儲存，同時，使用成本也是決定性的因素。如花卉對病原有抗性，則不需徹底殺菌以降低成本。