衛生與安全

公共衛生方面，在沒有中央政府補助的狀況下，臺北市的家戶接管普及率由1998年的28.8%提升到2008年五月的88%，改善大臺北地區的河川污染問題。而與水費分開收取的垃圾費隨袋征收實施，提高了臺北市資源回收率，以回收比率來看，1999年，也就是實施垃圾費隨袋征收前，資源回收比率是7.83%，實施垃圾費隨袋征收后，2003年底資源回收比率成長到28%；從開始實施垃圾費隨袋征收后，臺北市的總廢棄物量，也從1999年的26公噸，減少到2004年的12公噸。

2003年SARS期間和平醫院爆發嚴重院內感染，北市府組成專案調查小組，檢討出院內感染的主要原因有三點: 一、在劉姓洗衣工發病后至通報前未采適當隔離措施。二、警覺性不夠。三、防護措施未能嚴格落實執行。因而導致院內感染而封院，并且召回醫護人員。在行政院要求下，和平醫院即召回九百卅名員工，集中隔離，相關人員家屬則采居家隔離，和平醫院醫護人員及員工計有57人疑似感染，其中7人死亡，50人住院，民眾部分則有97人疑似感染，24人死亡。當時的市立和平醫院林重威醫師在治療染煞洗衣工時，受感染而犧牲，林父要求臺北市政府為封院政策不當道歉，并求償一元。最后法律判決，由國家賠償748萬元。

馬英九市府推動市立醫院整并，將10家市立醫院整并成一家市立聯合醫院，市醫整并之后因為議價能力提高，一年的藥價成本節省了6億5000萬元。不過，臺北市立聯合醫院成立不久卻發生了邱小妹妹人球案，遭受邱父虐傷的邱小妹妹無法在擁有豐沛醫療資源的臺北市救治，轉送到臺中縣童綜合醫院急救而腦死，衛生局長張珩為此下臺負責

中國國民黨主席

主條目：2005年中國國民黨主席選舉
2004年中華民國立法委員選舉過后，連戰宣布不再續任中國國民黨黨主席。2005年2月被視為國民黨接班人的馬英九宣布參選，而立法院長王金平在連戰多次表示不再續任以后，宣布參選。2005年7月選舉結果，馬英九擊敗黨內對手王金平取得國民黨主席職位。選戰過后，馬英九多次表示預留第一副主席職位給王金平，惟王予以拒絕。

馬英九上任黨主席以后，國民黨面對的是12月的縣市長選舉。由馬英九主導的該次選舉，國民黨一舉拿下14席，連同泛藍縣市一共17席。民進黨只余下6席，馬英九極力輔選的國民黨周錫瑋且拿下了民進黨執政多年，具有指標性的臺北縣。泛綠長期經營的宜蘭縣及嘉義市也由國民黨拿下。

2005年當選嘉義市長的立委黃敏惠就任市長，依法必須補選一席立委。同時，屬泛藍陣營的臺東縣長吳俊立因案請辭縣長，必須補選縣長。嘉義市選民結構綠大于藍，故該補選被視為泛藍對泛綠的對決，國民黨提名前國大代表江義雄。選舉的結果，國民黨獲得嘉義市一席立委，臺東縣則由國民黨提名的吳俊立前妻鄺麗貞當選。

2006年6月的倒扁風潮，馬英九倒扁的態度不夠明確，不但被支持者指“猶豫不決”，其聲望也下滑到新低。據統計，馬英九的支持度從4月的71%下滑至51%。同年12月舉行臺北高雄市長選舉。馬英九、新黨黨主席郁慕明協調后，曾任環保署長的新黨黨員郝龍斌終于返回國民黨，并一路擊敗對手取得最后國民黨提名資格且當選臺北市市長。惟高雄市方面，國民黨提名人黃俊英以些微差距敗北。

首長特別費案

主條目：中華民國首長特別費事件
2006年5月起，民進黨籍立委謝欣霓、北市議員徐佳青等人，開始質疑并檢舉馬英九特別費。同年8月4日謝欣霓等人向高檢署查黑中心檢舉，指馬英九臺北市長任內首長特別費，疑遭馬英九挪用當成生活費，查黑中心簽分“查字第十八號”案，由檢察官侯寬仁負責調查。歷經七個多月審理，查黑中心在2007年2月13日偵結馬英九特別費案，認定馬英九報領特別費后存于私帳、沒有實際支出，就已構成貪污，臺北地檢署依貪污治罪條例第五條第一款“利用職務機會詐取財物”將馬英九起訴，余文則被依貪污及偽造文書罪起訴。被起訴的同日，馬英九正式宣布參選2008年中華民國總統選舉，并依承諾辭去中國國民黨主席職務，然此案于同年8月17日臺北地方法院一審宣判無罪，檢方隨后提起上訴。2007年12月28日臺灣高等法院二審宣判，駁回檢方上訴，維持一審無罪判決。 2008年1月3日馬英九認為侯寬仁檢察官有涉及筆錄不實偽造文書的嫌疑而提告侯寬仁。全案經檢方提起上訴后，最高法院在2008年4月24日駁回上訴，全案三審定讞，馬英九獲判無罪。

2008年“總統”選舉

2008年1月27日完成登記，以中國國民黨候選人身分參選“總統”，并抽簽成為二號參選人。3月22日，以765萬9014票，58.45％的得票率擊敗民主進步黨的謝長廷，當選“中華民國總統”。

馬英九 - 領導人時期
就職：
2008年5月20日，馬英九在總統府宣誓就職，正式就任第十二任臺灣地區領導人，其后前往臺北小巨蛋舉行就職大典，并以“人民奮起，臺灣新生”為題發表就職演說。就職當晚在高雄市漢來大飯店舉行國宴，款待來自世界各地的與會貴賓。5月22日，中國國臺辦主任陳云林對馬英九的就職演說作了回應。

八二三金門談話：
2008年8月24日在八二三炮戰50周年紀念大會中馬英九表示，金門與廈門興建大橋將在年底完成評估，要把金門從戰爭的記憶，轉變為和平的象征，兩岸關系的歷史機遇，千載難逢，要把和平思維的幼苗種在兩岸的每一顆心靈中。

633政見跳票
主條目：633政見
633政見為馬英九所提出的選舉政見。該633政見內容，即承諾臺灣達成經濟成長率百分之六、年平均國民所得三萬美金以上及整體失業率百分之三以下的經濟目標。 2008年9月3日，馬英九在墨西哥《太陽報》系集團董事長瓦斯·蓋茲專訪時坦承選舉擎畫的633政見無法于短時間內兌現。無法兌現的理由是世界整體經濟情勢不佳。對于馬英九自承633政見無法短時間達成，多數媒體均以“跳票”形容。事后更指出，633政見要在第二任才可能完成。

嗆馬大游行
馬英九上任后，對中國大陸提出的兩岸政策被民主進步黨等在野政黨批評不斷后退、自我矮化，且在中國大陸毒奶粉事件及全球金融風暴的應變也被批評毫無章法。因此，民主進步黨在2008年10月25日舉辦游行提出五大訴求（反一中市場、反無能政府、反淘空主權、反一中學歷、反黑心商品），以對國際社會表達臺灣人民對馬政府親中的不滿及憤怒。

第二次陳江會談
2008年11月4日在臺北圓山飯店舉行的兩岸協商談判。雙方由海峽交流基金會董事長江丙坤與海峽兩岸關系協會會長陳云林率領代表團，針對兩岸包機直航新航線及增加班次與航點、兩岸海運直航、全面通郵、食品安全管理機制，以及面對世界金融風暴兩岸如何應對等問題進行協商。是次會談達成多項共識。主要分為三個部分，一是就第一次陳江會達成的兩項協議進行檢討。二是就下午簽署兩岸空運、海運、郵政、食品安全四項協議最后確認文本。第三就是對未來的兩岸關系情勢及協商交流議題進行交換意見，并且達成初步共識。

馬英九亦在臺北賓館接見海基、海協兩會會談人員。表示，這次兩會協商，象征兩岸關系向前邁出一大步，這項發展不僅符合兩岸人民的期望，也對兩岸穩定繁榮做出貢獻。然而，臺灣社會對于第二次陳江會談抱持正反不同態度。抗議群眾更在陳云林訪臺期間與警方數度爆發流血沖突。此外，圍城行動更造成超過200人受傷，其中包含149名警察。而馬英九則發表對反對聲音以及抗爭活動的回應。

二次江陳會落幕后，民調顯示兩岸透過協商尋求開放經貿，超過半數的民眾表示支持，并肯定江陳協議的內容。但是對于馬英九接見陳云林的安排，民眾則是評價兩極端，依照各自支持的政黨，有完全不同的結果。